En algunas instalaciones puede ser necesario que los gases eviten el paso por el filtro en determinados momentos, por circunstancias excepcionales, previstas o no previstas, por ejemplo: temperaturas altas o bajas, condiciones inestables de arranque, gases especialmente agresivos, etc.

En estas ocasiones se provee al sistema de una tubería de bypass que evite dicho paso, uniendo directamente una zona de aire sucio con la entrada del ventilador. Habitualmente este bypass es externo y cuenta con sus válvulas todo/nada de aislamiento lo más herméticas posible.

Dependiendo de la configuración geométrica de los filtros, y aplicado a grandes filtros de proceso, es posible la instalación de un bypass “interno”.